中心成立于2001年6月，是由原市衛(wèi)生防疫站、市健康教育所、市結(jié)核病防治所等6家單位合并組建而成的公益性事業(yè)單位。現(xiàn)有編制361名，主要承擔(dān)全市傳染病、寄生蟲(chóng)病、地方病、非傳染性疾病等預(yù)防與控制；突發(fā)公共衛(wèi)生事件和災(zāi)害疫情應(yīng)急處置；疫情及健康相關(guān)因素信息管理；健康危害因素監(jiān)測(cè)與干預(yù)；疾病病原微生物檢測(cè)、鑒定和物理、化學(xué)因子檢測(cè)、評(píng)價(jià)；健康教育與健康促進(jìn)；疾病預(yù)防控制技術(shù)管理與應(yīng)用研究等。同時(shí)還是全市基本公共衛(wèi)生服務(wù)技術(shù)指導(dǎo)中心和食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)市級(jí)中心，掛牌南京醫(yī)科大學(xué)附屬疾病預(yù)防控制中心。中心現(xiàn)有在編職工306人，包含紫竹林2號(hào)和3號(hào)兩個(gè)院區(qū)，占地面積1.8萬(wàn)平方米，建筑面積1.48萬(wàn)平方米，其中實(shí)驗(yàn)室用房4100余平方米。配備萬(wàn)元以上儀器設(shè)備490余臺(tái)，總價(jià)值8500余萬(wàn)元，擁有省實(shí)驗(yàn)室資質(zhì)認(rèn)定、實(shí)驗(yàn)室國(guó)家認(rèn)可、省職業(yè)衛(wèi)生、放射衛(wèi)生技術(shù)服務(wù)、艾滋病初篩、確證實(shí)驗(yàn)室、寄生蟲(chóng)病診斷參比實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家尿碘、鹽碘和流感監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家致病菌識(shí)別網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室、食品飲用水放射性污染應(yīng)急監(jiān)測(cè)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家細(xì)菌性傳染病分子分型監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室、全國(guó)食源性疾病分子溯源網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室等多項(xiàng)資質(zhì)。中心現(xiàn)有4個(gè)省級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室-病毒領(lǐng)域、非法添加領(lǐng)域，重金屬領(lǐng)域?qū)嶒?yàn)室，放射衛(wèi)生重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）和2個(gè)市級(jí)醫(yī)學(xué)重點(diǎn)?？疲▊魅静☆A(yù)防控制、慢性病預(yù)防控制重點(diǎn)專科）。